Радянська влада й охорона пам’яток
З встановленням радянської влади і початком переслідування церкви велику роль у збереженні унікального архітектурно-історичного комплексу Києво-Печерської лаври та його рухомих цінностей відіграли ВУКОПМИС і УАН (з 1921 – ВУАН). У квітні 1919 співробітники архітектурної секції ВУКОПМИСу склали анкети собору Успіння Пресвятої Богородиці та інших храмів Лаври для визначення їх технічного і художнього стану. Велику роль у створенні музею на території Лаври відіграв академік УАН, керівник музейної секції ВУКОПМИСу, голова Археологічного комітету УАН Ф. Шміт. З його ініціативи в 1919 – 20 Київський губКОПМИС взяв на облік речі виняткового історико-художнього значення Лаври і згодом відкрив у соборі Успіння Пресвятої Богородиці Музей лаврської старовини. У цій роботі за дорученням ВУКОПМИСу і Київського губКОПМИСу взяв найдіяльнішу участь мистецтвознавець Ф. Морозов.
У липні 1921 він обстежив матеріали історичного значення лаврської друкарні, які було вилучено і взято під охорону (1922 будинок друкарні передано ВУАН); прийняв за описом обидві лаврські бібліотеки і передав їх УАН. З грудня 1921 обстежував і обліковував мистецьке та історико-археологічне майно монастиря. Мистецтвознавець одночасно з Ф. Шмітом виступив ініціатором заснування Лаврського музею культів та побуту, звернувшись з відповідним листом до голови губКОПМИСу Ю. Михайліва. Для створення музею було сформовано спеціальну комісію, до складу якої ввійшли Ф. Морозов, мистецтвознавець Ф. Ернст і художник А. Середа.
У лютому 1923 Ф. Шміт зініціював звернення Археологічного комітету до Київського губвиконкому з пропозицією утворити на території Лаври музейне містечко, надіслав матеріали щодо проблем її збереження до Наркомосу РСФРР, щоб заручитися його підтримкою, та вжив інших заходів у цьому напрямі. Незважаючи на рішення Київського губвиконкому, згідно з яким велику частину території та споруд передали губернському відділу соціального забезпечення під Інвалідне містечко, найвидатніші історичні пам’ятки – собор Успіння Пресвятої Богородиці, церкви Свято-Троїцьку та Всіх Святих, братські корпуси та інші споруди (загалом 23) залишили за губернським відділом народної освіти.
Саме Археологічний комітет сформулював ідею проголошення Києво-Печерської лаври державним історико-культурним заповідником. Розроблені комітетом рекомендації підписали президент ВУАН В. Липський і неодмінний секретар А. Кримський. У червні 1923 голова РНК УСРР Х. Раковський затвердив підготовлену Наркоматами освіти і соціального забезпечення інструкцію «Про використання майна рухомого і нерухомого колишньої Печерської лаври в Києві». Тоді ж рухоме і нерухоме майно монастиря було передане у розпорядження органів освіти, науково-методичне керівництво покладалося на Археологічний комітет.
1923 в Лавру перевезли більшу частину збірок Церковно-археологічного музею Київської духовної академії, колекції культових речей Свято-Михайлівського Золотоверхого, Флорівського, Братського Богоявленського, Видубицького Свято-Михайлівського, Микільського, Свято-Миколаївського (Слупського) монастирів, собору Святої Софії.
Ф. Шміт домігся передання під музей будинку митрополита (корпус № 2), де було зібрано також і художньо-історичні цінності Лаври. 1923 музеєм недовго керував губінспектор політосвіти А. Вінницький, у червні 1923 – квітні 1924 – Ф. Шміт, хранитель – Ф. Морозов (потім – директор музею). За екскурсійну роботу відповідала екскурсійно-виставкова музейна секція губполітосвіти. З 1 травня 1924 музей очолював археолог П. Курінний. Станом на 1925 музей був одним із провідних в республіці, його фонди налічували 82 тис. одиниць зберігання і були систематизовані у восьми відділах: металів, станкового малярства, тканини і шитва, нумізматики, культів, історії Лаври, манускриптів, друку. Діяли фотоархів і портретна галерея. Того ж року почали організовувати відділи української книги і книгодрукування, стародруків і будівельної техніки.
29 вересня 1926 ВУЦВК і РНК УСРР видали постанову «Про визнання колишньої Києво-Печерської лаври історико-культурним заповідником і про перетворення її у Всеукраїнське музейне містечко». Було створено спеціальну комісію з прийому архітектурних споруд і майна монастиря, яка працювала до серпня 1927. Після цього РНК УСРР затвердив положення про Всеукраїнське музейне містечко, яким визначено його територію (в межах стародавніх і нових фортечних укріплень) і функції: збереження, охорона, вивчення і реставрація культурно-історичного, архітектурного і побутового ансамблю Києво-Печерської лаври; проведення археологічних, археографічних й історичних досліджень території заповідника та його цінностей тощо.
До складу заповідника увійшли Лаврський музей культів та побуту з відділами тканини і шитва, металу й каменю, станкового малярства, письма і друку, історії Лаври, порівняльної історії релігій, нумізматики; Музей старої української будівельної техніки; Всеукраїнська реставраційна майстерня; Ближні і Дальні печери; музеї-храми: собор Успіння Пресвятої Богородиці, церкви Свято-Троїцька над Святою брамою, Спаса на Берестові, Здвиженння Чесного Хреста Господнього, Всіх Святих, Різдва Пресвятої Богородиці і Зачаття св. Анни, дзвіниці на Ближніх і Дальніх печерах, фортечні мури з вежами і церквами; архів і бібліотека Києво-Печерської лаври, бібліотека митрополита Флавіана. Тут розмістилися також архівні фонди Центрального й Округового архівних управлінь. Було створено екскурсійні та допоміжні (столярна, слюсарна, ковальська, малярна та інші майстерні) служби. 1927 в Лавру з Ленінграда перевезено приватну збірку П. Потоцького і на її основі створено «Музей України». На території заповідника діяли музеї ВУАН: театральний і діячів української науки та мистецтва.
1930 до складу заповідника, як його філіали, увійшли закриті для релігійних відправ Володимирський і Софійський собори. Вони, як і Лавра, стали виконувати функції антирелігійних музеїв. З Всеукраїнським музейним містечком пов’язана діяльність багатьох відомих діячів науки і культури України (більшість співробітників проживала в Лаврі). Тут працювали директор містечка – археолог П. Курінний, голова Всеукраїнського археологічного комітету ВУАН О. Новицький та його дочка – мистецтвознавець М. Новицька, історики й археологи В. Ляскоронський, М. Рудинський, Ю. Сіцинський, історик і літературознавець Є. Рудинська, театрознавець П. Рулін, книгознавець П. Попов, історик і нумізмат В.Шугаєвський,мистецтвознавецьК. Мощенко, історик архітектури І. Моргілевський, один із основоположників української школи наукової реставрації М. Касперович, реставратор К. Кржемінський та ін. Поза штатом музеїв або тимчасово в заповіднику працювали художники Ф. Красицький, І. Макушенко, В. Меллер, театрознавець О. Кисіль, актор і перекладач С. Паньківський та ін.
1932 заповідник перевіряла комісія ЦК КП(б)У, яка піддала критиці його роботу («відсутність класового підходу в науковій діяльності, захоплення старовиною»). Науковий і технічний штат заповідника замінили співробітниками, «відданими справі соціалістичного будівництва». Замість музею культів та побуту було створено Центральний антирелігійний музей УСРР. За Постановою РНК УРСР від 11 липня 1939, за ним закріплено корпуси № 1, 3, 4, 5, 24, 28, 29, 30, 48, 48-а, собор Успіння Пресвятої Богородиці, церкви Свято-Троїцьку над Святою брамою, Всіх Святих, Велику лаврську дзвіницю, церкви Дальніх печер, Ближні і Дальні печери. Частину корпусів заповідника передано Центральному історичному музею ім. Т. Шевченка (№ 2, 7 – 10, 13).
У цей час у Лаврі функціонували також Український театральний музей і Музей революції. На базі бібліотечних фондів Лаври створено Державну історичну бібліотеку УРСР; на основі архіву Лаври, Київської духовної консисторії, культових установ Правобережної України і ряду інших організацій – Центральний історичний та окружний архіви, які містилися на території заповідника.
У передвоєнний час заповідник перетворився на значний культурно-просвітницький центр, архітектурний ансамбль, музеї та виставки якого в 1926 – 41 відвідало бл. 2,5 млн. екскурсантів.
З початком Великої Вітчизняної війни значна кількість збірок заповідника не була евакуйована. Окупанти вивезли найцінніші колекції Центрального історичного музею, зокрема зброю, документи 15 – 18 ст., нумізматику. Із собору Успіння Пресвятої Богородиці – 20 срібних риз, срібні царські врата, Євангелія в срібних оправах, три срібні труни, збірку тканин і парчі. Були відправлені у Німеччину документи з архівів київських митрополитів, книги з бібліотеки Флавіана, частину зібрання П. Потоцького тощо.
Після визволення Києва з 13 листопада 1943 поновилася робота управління заповідника. 30 травня 1944 РНК УРСР ухвалила постанову «Про відновлення діяльності державного історико-культурного заповідника “Києво-Печерська лавра”». За ним закріплювалися верхня та нижня території Лаври, а також церква Спаса на Берестові і Видубицький Свято-Михайлівський монастир.
На території Ближніх і Дальніх печер до кін. лютого 1961 діяв відновлений 1941 чоловічий монастир.
Головними напрямами діяльності заповідника впродовж тривалого часу були відбудовчі та ремонтно-реставраційні роботи, збирання і повернення музейних цінностей, зокрема і вивезених до Німеччини. 1987 на базі Києво-Печерського державного історико-культурного заповідника і музеїв, що містилися на його території (книги і книгодрукування, українського народного декоративного мистецтва, театрального, музичного і кіномистецтва), було організовано перше в Україні музейне об’єднання.
Після війни частину корпусів передано в оренду різним установам і організаціям, частина продовжувала використовуватися під житло до 1980-х рр.